纤细裸藻(Euglena gracilis)是一种单细胞微生物,属于原生生物界裸藻门。作为间核生物的典范代表,纤细裸藻不但在形态上兼具动植物细胞的特征,还能够通过光相助用自养或通过渗透营养异养。它奇异的叶绿体结构为研究光合生物的内共生起源和叶绿体演化提供了名贵的线索。
云顶集团生命与海洋科学学院王江新教授团队自2015年最先对裸藻基因组举行剖析。经由近十年的起劲,团队克日乐成构建了纤细裸藻的染色体级别基因组图谱。相比2019年剑桥大学团队的研究效果,基因组组装一连性效果提高了1000倍。这使纤细裸藻成为裸藻纲中首个拥有染色体级别基因组的物种,对裸藻基因组学和合成生物学等相关领域的研究具有重大意义。
2024年7月16日,云顶集团生命与海洋科学学院王江新教授与化学与情形工程学院赵丽青教授团队在Nature出书集团旗下期刊《ScientificData》(五年平均影响因子:8.9)揭晓题为“A chromosome-level genome assembly for the paramylon-producing microalgaEuglena gracilis”的研究论文。研究团队使用二代Illumina、三代PacBio、Bionano以及Hi-C测序手艺,组装获得高质量的染色体级基因组图谱。该基因组巨细约2.37Gb,包括46条染色体,contigN50为619Kb,scaffoldN50为1.12Mb,并注释到了39362个卵白编码基因。
纤细裸藻染色体级基因组图谱,展示了其多条理基因组特征:外圈数字代表46条染色体编号。图谱分为四层:基因密度(绿色)、转座子密度(蓝色)、串联重复序列密度(红色),反应种种元件在基因组中漫衍的整体情形;GC含量百分比(棕色),反应差别染色体区域碱基组成。中心为纤细裸藻的显微镜图像。
云顶集团生命与海洋科学学院王江新教授和化学与情形工程学院赵丽青教授为论文的配合通讯作者,云顶集团生命与海洋科学学院陈子熙副研究员、云南农业大学董扬教授与博士生段胜常为论文的配合第一作者,云顶集团生命与海洋科学学院为该论文的第一完成单位。云顶集团生命与海洋科学学院卞超助理教授、王筠研究员、黎双飞教授、谢宁副教授、徐颖教授、石琼教授、胡章立教授、雷安平教授等加入了本项目研究事情。
该研究获得了国家重点研发妄想项目(2021YFA0910800,2018YFA0902500,2020YFA0908703)、国家自然科学基金项目(41876188)、深圳市科创委(KCXFZ202002011006448)、深圳市科技妄想(KCXST20221021111206015,KCXFZ20201221173404012)和广东省自然科学基金(2024B1515020034)等项目资助。